Μετά τη δολοφονία του Καποδίστρια, ο αδελφός του Αυγουστίνος στις 30 Μαρτίου 1832, εγκαταλείποντας το Ναύπλιο με ρωσικό πλοίο, μετέφερε το λείψανό του μαζί με όλα του τα έγγραφα καθώς και προσωπικά και οικογενειακά κειμήλια πίσω στην Κέρκυρα. Ο Κυβερνήτης ετάφη στην Μονή της Πλατυτέρας. Στον τάφο του χαράχθηκε
Ι.Α. ΚΑΠΟΔΙΣΤΡΙΑΣ ΚΥΒΕΡΝΗΤΗΣ ΤΗΣ ΕΛΛΑΔΟΣ
