Ο Καποδίστριας έδιδε μεγάλη σημασία στην ανάπτυξη της γεωργίας και στην ενίσχυση των γεωργών. Ο ίδιος έγραφε: «...να βοηθήσωμεν κατά προτίμησιν τους πολίτας εκείνους οίτινες πορίζονται τα προς το ζην εντίμως δια της καλλιέργειας της γης, και ευρίσκονται ήδη εστερημένοι καλύβης, βοσκημάτων και εργαλείων».
Προχώρησε στην ίδρυση γεωπονικής σχολής στην Τίρυνθα που σκοπό είχε την επαγγελματική μόρφωση των γεωργών. Εκεί δημιουργήθηκαν υποδειγματικές καλλιέργειες με παράλληλη ανάπτυξη της μεταξοσκωληκοτροφίας, οικοποιίας, γαλακτοτροφίας, τυροκομίας κ.ά. Η λειτουργία της Σχολής στην οποία φοιτούσαν παιδιά φτωχών γεωργών, ανατέθηκε στον Γρηγόριο Παλαιολόγο, γεωπόνο που είχε σπουδάσει στο Παρίσι. Για την επιπλέον ενίσχυση των γεωργών αποστάλησαν γεωπόνοι στην ύπαιθρο. Η Σχολή έπαυσε τη λειτουργία της το 1873. Η κακοδιαχείριση, ή έλλειψη πόρων αλλά και η αδιαφορία των κυβερνήσεων να συνεχίσουν την λειτουργία της στέρησαν την δυνατότητα στη Σχολή να αποτελέσει ένα πρότυπο υψηλού επαγγελματικού επιπέδου.
Φρόντισε ώστε ν' απαλλαχτούν οι γεωργοί από πολλά φορολογικά βάρη.Στους ακτήμονες γεωργούς που κατοικούσαν σε καλύβες παραχώρησε την κυριότητά τους δωρεάν και έδωσε το ίδιο δικαίωμα σε όσους θα ήθελαν να επαναπατριστούν και να εγκατασταθούν σε γεωργικές περιοχές. Ο Κυβερνήτης φρόντισε επίσης για την καλλιέργεια των εθνικών κτημάτων και τα παραχώρησε σε ιδιώτες με πολυετής ενοικιάσεις, οπότε και οι πολίτες ευεργετούνταν και το δημόσιο ταμείο. Αλλά και στους κτηνοτρόφους χαρίστηκαν οι φόροι των βοσκημάτων σε αναγνώριση της προσφοράς τους για τη διατροφή των πολεμιστών κατά τα χρόνια του πολέμου. Επιπλέον ενισχύθηκαν μέσω της ελευθερίας της κινήσεως των κοπαδιών και της ασφαλείας αυτών.
Ο Καποδίστριας φρόντισε για την εισαγωγή νέων καλλιεργειών και τη διάδοση νέων γεωργικών προϊόντων, όπως της πατάτας. Το ενδιαφέρον του Καποδίστρια για την καλλιέργεια της πατάτας στην Ελλάδα ήταν πολύ μεγάλο. Πριν ακόμα εγκατασταθεί στην Ελλάδα, με επιστολή της 11/11/1827 ζήτησε βοήθεια σε τεχνογνωσία και υλικό για σπορά από τον «κ. Πικτέτ Καζανόβη εις Γενούην» ο οποίος είχε ειδικές γνώσεις. Αλλά και η Βουλή των Ελλήνων το 1827 συζήτησε τη διάδοση της πατάτας και μάλιστα την ανατύπωση του φυλλαδίου που προαναφέρεται. Στις 24-1-1828, μόλις 16 μέρες από την άφιξή του στην Ελλάδα, ο Καποδίστριας έγραψε από την Αίγινα στον αδελφό του Βιάρο στην Κέρκυρα και του ζήτησε να στείλει από την Κέρκυρα ή τη Ζάκυνθο «μια καλή ποσότητα γεωμήλων» για να σπείρει τα χωράφια που ήδη ετοίμαζε. Ταυτόχρονα περίμενε και άλλο φορτίο πατάτας που είχε παραγγείλει από το Λίβερπουλ. Αποστολή πατάτας ζητούσε και από διάφορους φιλέλληνες οι οποίοι με προθυμία έστελναν οικονομική και επισιτιστική βοήθεια προς την Ελλάδα, όπως ο Εϋνάρδος.
Επιθυμούσε ακόμη και την εφαρμογή νέων καλλιεργητικών μεθόδων με τη χρήση βελτιωμένων εργαλείων στην καλλιέργεια: «Ηθελα εν τοσούτω να συστήσω εν εργαστήριον ινα δώσω εις τους Ελληνας το Βελγικόν άροτρον προς ο χρειάζονται εργάται, άροτρον εις παράδειγμα, και άνθρωπος έμπειρος της αυτού χρήσεως.» Έγραφε προς τον Εϋνάρδο: «...Ο κ. Φαζύς μου είχε γράψει πως επεθύμει να μου στείλη εκατόν τσαπιά, των οποίων στερούμεθα και τα οποία μας είναι απαραίτητα δια την καλλιέργειαν των γεωμήλων. Το λοιπόν ο κ. Φαζύς και όλοι όσοι μετ' αυτού φρονούσιν ότι δια των σκαπανών και όχι δια των μπαγιονετών πολιτίζονται οι λαοί, θέλουσι συμπράξει δια να μας στείλωσι το ταχύτερον και όσον το δυνατόν περισσότερα από αυτά τα πολιτιστήρια όργανα, των οποίων θα γίνη χρήσις συμφερώτατη, το εγγυώμαι...».
Παρά τα προβλήματα και τις δυσχέρειες φρόντισε να φυτευτούν χιλιάδες δένδρα ανά την επικράτεια: «Καίτοι καταπονούμενος υπό πολλών και δεινών ασχολημάτων, κατώρθωσα να φροντίσω ιδιαιτέρως και περί δενδροφυτείας, πράγματος παντάπασι λείποντος κατά τε την Πελοπόννησον και τας νήσους, διότι οι Τούρκοι κατελίμπανον τα δένδρα εις διαφθοράν και οι Έλληνες χειρότερα έπραξαν, εκριζώνοντες και τα περιλειπόμενα. Έφερα λοιπόν εκ Κρήτης εκατομμύρια καστανεών και άλλα δένδρα και μένει να ίδομεν αν η προμήθεια καλώς εγένετο προς ευόδωσιν της φυτείας, ήτος επιχειρηθήσεται το φθινόπωρον...»