Μελετώντας κανείς τη ζωή του Καποδίστρια, δηλ. τις πεποιθήσεις, τις ιδέες και τη στάση του απέναντι σε αυτοκράτορες, καγκελάριους, διπλωμάτες, προύχοντες, Φαναριώτες και τόσους άλλους, προβληματίζεται. Προβληματίζεται και διερωτάται από πού αντλούσε την ευθύτητα, την ανδρεία, τη σταθερότητα, τη σωφροσύνη αλλά και τη διορατικότητα για να υψώσει μια φωνή δίκαιη και αληθινή.

«Ας λέγουν και ας γράφουν ό,τι θέλουν. Θά έλθη όμως κάποτε καιρός, ότε οι άνθρωποι κρίνονται όχι σύμφωνα με όσα είπον ή έγραψαν περί των πράξεών των, αλλά κατ' αυτήν την μαρτυρίαν των πράξεών των. Υπ' αυτής της πίστεως, ως αξιώματος, δυναμούμενος έζησα μέσα εις τον κόσμον μέχρι τώρα, οπότε ευρίσκομαι εις την δύσιν της ζωής μου, καί υπήρξα πάντοτε ευχαριστημένος δια τούτο. Μου είναι αδύνατον πλέον να αλλάξω τώρα. Θα συνεχίσω εκπληρών πάντοτε το χρέος μου, ουδόλως φροντίζων περί του εαυτού μου, καί ας γίνη ό,τι γίνη».

 Με αυτό ακριβώς το ήθος επέλεξε να υπηρετήσει ως διπλωμάτης στη Ρωσία. Συνειδητοποίησε ότι, η μόνη ελπίδα, για να σωθεί το υπόδουλο γένος, είναι η ομόδοξη Ρωσία και όχι οι υπόλοιπες, Προτεσταντικές και Καθολικές στο θρήσκευμα, Δυνάμεις. Ως διπλωμάτης στην υπηρεσία του Τσάρου δεν απορροφήθηκε από το κοσμοπολίτικο περιβάλλον της Ρωσικής αυλής: «Είμαι ευχαριστημένος... (γράφει στον πατέρα του) Αντιστάθηκα στις πιό μεγάλες και γοητευτικές προτάσεις ... Έμεινα σταθερός στο να παραιτηθώ από λαμπρές και ανετότατες θέσεις ... προκειμένου να μείνω με όλη μου την καρδιά προσκολλημένος ... σε όσα εγώ πιστεύω ως ιερά καθήκοντα ... Μού προσφέρθηκαν περισσότερες από μιά ωραίες αποκαταστάσεις. Τις αρνήθηκα χωρίς δυσαρέσκειαν. Θα είχα γίνει Κροίσος στα πλούτη, αλλά στους αντίποδες. Θα είχα προχωρήσει κατά χίλια βήματα στην σταδιοδρομία μου, αλλά έξω από τις αρχές μου, από την ατμόσφαιρά μας. Δεν το θέλησα και ούτε θα το θελήσω ποτέ... Ελπίζω στην θεϊκή προστασία ...».

Την ψυχική ανάπαυση και ψυχαγωγία τη βρίσκει αλλού: «Επέρασα την Μεγάλη Εβδομάδα με τον Μητροπολίτην. Καί παρητήθην όλων των οχληρών διπλωματικών γευμάτων. Το αυτό έπραξα και κατά τας δύο πρώτας ημέρας του Πάσχα κατά το εκκλησιαστικόν τυπικόν των οποίων μόνον ηδυνήθην να εκπληρώσω τα θρησκευτικά μου καθήκοντα.» Ανέβηκε τα σκαλιά της διπλωματίας ζώντας πραγματικά μια ζωή ασκητική και δεν έπαυε να διακηρύττει: «Είμαι πεπεισμένος ποτέ να μην εγκαταλείψω τα συμφέροντα της πατρίδας μου. Καμιά θεώρηση των πραγμάτων, οποιαδήποτε κι αν είναι, δεν θα μπορούσε να μ' επηρεάσει να αποστασιοποιηθώ από τα καθήκοντα που μου επιβάλλει η τιμή μου. Τι χρησιμότητα έχει για μένα η υψηλή εύνοια με την οποία με τιμά ο αυτοκράτορας, εφόσον δεν θα είχα τη δυνατότητα να τη χρησιμοποιήσω για να βοηθήσω αυτούς τους ανθρώπους (δηλ. τους συμπατριώτες του), στους οποίους ανήκω ολόψυχα και αποκλειστικά». Ακόμα στον ίδιο τον Τσάρο έλεγε: «Μένω εις τον τόπον μου (το υπουργείο των Εξωτερικών της Ρωσίας) και θέλω μείνει εν όσω θέλω ελπίζει να τους είμαι ωφέλιμος (στους Έλληνες). Οποίαν ημέραν ίδω ότι τα χρέη του υπουργήματός μου είναι ασυμβίβαστα με τα χρέη τα οποία με απαιτεί η πατρίς, πιστεύσατέ με, Κύριέ μου, ότι δεν θέλω αναβάλει ουδεποσώς ν' ακολουθήσω τον δρόμον, τον οποίο πρέπει ν' ακολουθήση πάς τίμιος άνθρωπος».

Δεν δίστασε μάλιστα ν' αποκαλύψει ότι: «... δεν ηθέλησα ποτέ να είμαι υπήκοός Του, αλλά υπηρέτης Του. Είναι διότι μίαν φοράν είπον εις την Α.Μ. ότι δεν θα αντήλλασον τον τάφον μου που έχω εις την Κέρκυραν με οιανδήποτε αποκατάστασιν εν τω κόσμω».

Όταν το 1815 ο Τσάρος του ανακοίνωσε την πρόθεσή του να τον διορίσει Υπουργό των Εξωτερικών, αρχικά δεν δέχτηκε, διότι δεν θα μπορούσε να θυσιάσει τα συμφέροντα της πατρίδας του ευρισκόμενος στην υψηλή αυτή θέση. Απάντησε, λοιπόν, στον Τσάρο: «Μεγαλειότατε, εντίμως σας δηλώνω ότι οσάκις ευρεθώ προ του τραγικού διλήμματος να υποστηρίξω τα συμφέροντα της σκλαβωμένης πατρίδος μου ή τα συμφέροντα της αχανούς αυτοκρατορίας σας, δεν θα διστάσω ούτε στιγμή: Θα τεθώ με το μέρος της πατρίδος μου ... Θα ήταν εκ μέρους μου αχαριστία, θα παρέβαινα τα καθήκοντά μου προς την γήν που με γέννησε, εάν, προκειμένου να απαλλαγώ από τις πιέσεις που θα μου έκαναν, θεωρούσα τον εαυτό μου ξένον προς την Ελλάδα. Αισθάνομαι όμως τον εαυτό μου ανίκανον για μιά τέτοια θυσία! ... Θα ευρίσκομαι σε συνεχή επικοινωνία μαζί τους, θα τους βοηθώ!...» και «Είμαι Έλλην και θα μείνω Έλλην για πάντα».

Αυτή την εντιμότητα του την αναγνώρισαν μέχρι και οι εχθροί του. Ως πολιτικό αντίπαλο, μπορεί ο Μέττερνιχ να τον πολεμούσε με ασίγαστο μίσος, αλλά ως άνθρωπο τον θαύμαζε: «Ο μόνος αντίπαλος που δύσκολα ηττάται είναι ο απόλυτα έντιμος άνθρωπος. Και τέτοιος είναι ο Καποδίστριας». Πιστός στη ζωή που επέλεξε απομακρύνθηκε εκούσια από τη θέση του Υπουργού των Εξωτερικών όταν κατάλαβε ότι δεν μπορεί να ελπίζει βοήθεια από τον Τσάρο στον αγώνα των Ελλήνων. Αντιτάχθηκε σθεναρά απέναντί του αρνούμενος να εκτελέσει αποφάσεις: «Ναί, βεβαίως το βλέπω, όπως και σείς. Αλλά δεν είμαι εγώ εκείνος που θα τις εκτελέσει!». Έδωσε την παραίτησή του στον Τσάρο «πιστά αφοσιωμένος στην έντιμη μοίρα της πατρίδος του».

Η αυτοκράτειρα μητέρα του Τσάρου Νικολάου, Μαρία Θεοδώρεβνα, τον πίεζε να μην αποδεχθεί την εκλογή του ως Κυβερνήτη της Ελλάδος λέγοντας του: «Στην Ελλάδα θα διακινδυνεύσετε τη ζωή σας». Προφητικά λόγια! Ο Καποδίστριας όμως απάντησε: «Εάν δεν δεχθώ την εκλογή μου και η Ελλάς γονατίσει, τί θα πούν για μένα; Νά ένας άνθρωπος, που θα μπορούσε να τη σώσει και προτίμησε μιά λαμπρή θέση στη Ρωσία από τη σωτηρία της πατρίδας του και την άφησε να χαθεί. Αφιέρωσα τη νεότητά μου στην υπηρεσία του αείμνηστου μεγαλόψυχου γιού σας. Έτσι μπορώ σήμερα να προσφέρω στην Ελλάδα τη θυσία των γηρατειών μου!..».

Υπερασπίστηκε την απόφασή του απέναντι στον Τσάρο: «Η απόφασή μου είναι αμετάκλητη. Πάνω απ' όλα ανήκω στη χώρα μου. Δεν έχω την ψευδαίσθηση να πιστεύω ότι εγώ μονάχος μπορώ να τη σώσω. Όταν βλέπω όμως σε ποιών ανθρώπων τα χέρια βρίσκεται τώρα η τύχη της, δεν μπορώ να αποκρύψω ότι διαθέτω περισσότερα μέσα απ' αυτούς. Πιστεύετε, μεγαλειότατε, ότι θα εγκατέλειπα μιά τόσο λαμπρή θέση, μιά τόσο ένδοξη υπηρεσία και μιά τέλεια εξασφάλιση στη Ρωσία ... εάν δεν ένιωθα ότι με προστάζει η επιτακτική ανάγκη των περιστάσεων της χώρας μου και η έλλειψη των ανθρώπων... Μην πιστέψετε καθόλου, μεγαλειότατε, ότι πηγαίνω στην Ελλάδα με τη ρωσική λιβρέα στους ώμους μου. Δεν είμαι εγώ εκείνος που θα σας βοηθούσε να στήσετε εκεί τις σημαίες σας και δεν είμαι εγώ εκείνος που θα σας δάνειζε το χέρι του για να επιτευχθεί ένα δεύτερο έγκλημα, σαν εκείνο του διαμελισμού της Πολωνίας!..»

Αρνήθηκε να δεχθεί την αποζημίωση που δικαιούνταν από τον Τσάρο για τις υπηρεσίες του - ισόβια σύνταξη εξήντα χιλιάδων φράγκων - με κριτήριο το συμφέρον της πατρίδας του και όχι το δικό του. Αναγνώριζε ότι το ποσό αυτό θα τον βοηθούσε ν' ανακουφίσει τους δυστυχισμένους Έλληνες, αλλά θα έδινε την ευκαιρία στους αντιπάλους του να τον κατηγορήσουν ότι εξαρτάται οικονομικά από τη Ρωσία.

Ο Καποδίστριας γνώριζε ότι «η κάθοδός του εις την Ελλάδα σημαίνει άνοδον εις τον Γολγοθάν», ήρθε όμως έχοντας την πεποίθηση ότι: «Ο Θεός είναι προστάτης μου ... και άνευ ταύτης της πίστεως ούτε εμαυτόν θα ηδυνάμην να κατανοήσω, ούτε να ελπίσω τι». Τοποθέτησε υπεράνω του εαυτού του το συμφέρον της πατρίδας: «Ευτυχείς, διότι ηδυνήθημεν να προσφέρωμεν δι' αυτό το τόσον θεάρεστον έργον τα λείψανα της μετρίας κατατάσεώς μας εις το θυσιαστήριον της πατρίδος!» Το μόνο που ζήτησε από τον Μουστοξύδη κατά τον ερχομό του στην Ελλάδα ήταν: «Ελπίζων δε να έχω και μίαν στέγην εις την Ελλάδα, ως αρχηγός της διοικήσεως, καλόν νομίζω το να περιλαμβάνη και εν μικρόν παρεκκλήσιον...».

Στην πατρίδα πλέον και ελεύθερος από κάθε δέσμευση υλοποίησε την ανασύσταση του Ελληνικού κράτους θέτοντας πρώτα - πρώτα τις βασικές αρχές. Πρώτη και κύρια αρχή ήταν να διαφυλαχθεί η πίστη και η ζωή της Ορθοδόξου Εκκλησίας διότι: «Οι Έλληνες ... ηνωμένοι δια της εις Χριστόν και εις την Αγίαν του Εκκλησίαν σταθεράς πίστεώς των ... υποστάντες την οθωμανικήν δυναστείαν, υπό μόνην την σκέπην της Εκκλησίας των διεσώθησαν. Άμα δε τώ ανεγερθήναι εις σώμα Έθνους, οι αυτών αντιπρόσωποι ανεκήρυξαν την Ελληνικήν θρησκείαν, θρησκείαν της επικρατείας, ...» και δεύτερο να διασωθεί η ταυτότητα του Έθνους η οποία «... σύγκειται εκ των ανθρώπων, οίτινες από της Αλώσεως της Κωνσταντινουπόλεως δεν έπαυσαν ομολογούντες την Ορθόδοξον Πίστιν και την γλώσσαν των Πατέρων αυτών λαλούντες, και διέμειναν υπό την πνευματικήν ή κοσμικήν δικαιοδοσίαν της Εκκλησίας των, όπου ποτέ της Τουρκίας και αν κατοικώσι».
Η Εκκλησία έσωσε την πατρίδα και η Εκκλησία του Χριστού θα αποτελέσει τη «σωτηρία του Έθνους, το λίκνο του μέλλοντος». Για να γίνει αυτό εφικτό, ο Καποδίστριας οργάνωσε συστηματικά και γρήγορα την παιδεία. «Αποτελεί θεία τιμή το να αναθρέψει κάποιος Ελληνόπαιδες, με τις γνώσεις της ιεράς μας θρησκείας, να τους εκπαιδεύσει στην πάτριον γλώσσα και να τους προπαρασκευάσει για ανώτερες πανεπιστημιακές σπουδές».

Με την οργάνωση της παιδείας προσπάθησε τα παιδιά να σπουδάσουν στην πατρίδα τους διότι: «Τα παιδιά μας, ούτως εκείσε κείμενα, οποίας και άν απολαμβάνουν φροντίδος παρά των φιλανθρώπων προστατών, κινδυνεύουν όμως να εκστραφούν της οικείας φύσεως, χάνοντα βαθμηδόν και την αίσθησιν των θρησκευτικών χρεών των, και την χρήσιν της γλώσσης των, και την μνήμην των εφεστίων και ιδιογενών ηθών». Και αλλού: «Χωρίς να γνωρίζουν καλά την Γερμανικήν και την Ελληνικήν, χωρίς να έχουν μίαν κάποιαν ηλικίαν εις την οποίαν ημπορεί κανείς να στερηθή την εκκλησίαν χωρίς να χάση την θρησκείαν του, δεν θα συνεβούλευα ποτέ να τοποθετηθούν εις έν Ινστιτούτον όπου ασκείται η θρησκεία των Διαμαρτυρομένων».

Πίστευε στην αξία στη εκπαίδευσης βάσει όμως αξιών και χρηστών ηθών. Εφόσον λοιπόν ο λαός θα μορφωθεί με τις αξίες του ευαγγελίου κατόπιν θα ιδρυθή η Ελλάς.

Χαρακτηριστική υπήρξε η συνομιλία με τον γραμματέα του Νικόλαο Δραγούμη, ο οποίος την εξιστορεί:

- Σύ δε τί προτιμάς, γράμματα άνευ χρηστών ηθών ή χρηστά ήθη άνευ γραμμάτων;

Και επειδή κατανεύσας τους οφθαλμούς εσιώπησα, αυτός επαναλαβών τον λόγον

 - Δεν αποκρίνεσαι; Προσέθετο. Διέστρεψε λοιπόν και σε, τόσω νέον, η ελληνική οίησις; Πολλοί λογιώτατοι Έλληνες τους οποίους εγνώρισα εις Βιένναν και αλλαχού, ενόμιζον εαυτούς σοφωτάτους διότι έμαθον ολίγα γράμματα. Αλλ' εάν, ως καυχάσθε, είσθε απόγονοι των Ελλήνων, έπρεπε και να μη λησμονήτε ότι σοφίαν εκείνοι ούτε ενόμιζον ούτε ωνόμασαν μόνην την άσκησιν του νού, αλλά και της ψυχής την καλλιέργειαν. Ο μόνον γράμματα γινώσκων, στερούμενος δε ψυχικής αγωγής, είναι και του χειρίστου κακούργου χείρων, ως μαθών να κακουργή επιτηδειότερον. Γνωρίζεις τον Σ;...
 - Μάλιστα, εξοχώτατε.
 - Αυτός, ως ακούω, είναι εκ των λογιωτέρων, αλλά και εκ των κακοηθεστέρων διότι, ότε διέτριβεν εις Παρισίους, έκλεπτε, περί δε των άλλων αυτού αρετών ουδέν λέγω.
 - Το κακόν υμών είναι ότι μόλις μάθετε μερικούς κανόνας της γραμματικής, έστω και εις την Γερμανίαν, μόλις ιδήτε μερικά βουνά της Ευρώπης και χειροτονείσθε μόνοι διορθωταί της κοινωνίας και νομοθέται της πολιτείας. Πλην, κύριε, άλλο γραμματική, άλλο κοινωνία και άλλο πολιτεία. Τόσο πολύς καπνός γεμίζει τας κεφαλάς υμών, ώστε δεν εννοείτε οποίον και οπόσον χάσμα διαχωρίζει τας δύο τελευταίας από της πρώτης. Οι παλαιοί σοφισταί εγίνωσκον πλείονα γράμματα, και όμως αυτοί ήσαν οι λυμεώνες των Αθηνών.
 Εμού δε εδιπλασιάζετο ο θαυμασμός, ου μόνον διά την χάριν και την σαφήνειαν δι' ων ηρμήνευε την διάνοια αυτού, αλλά και διά την απροσδόκητον ανακάλυψιν ότι οικείοι ήσαν αυτώ οι αρχαίοι.
 
 - Πιθανόν να με νομίζης και συ μετά των κατηγόρων μου φωτοσβέστην. Πλην τι θέλετε; Να συστήσω ακαδημίαν ως του Γκυλφόρδ; Αλλά πριν πατήση τις το κατώφλιον ακαδημίας πρέπει να πατήση το κατώφλιον αλληλοδιδακτικού.
 
Αγωνίσθηκε να πείσει τους ξένους, διότι με αυτούς πάλεψε περισσότερο παρά με τους Τούρκους, για πόσο δίκαιος ήταν ο αγώνας των Ελλήνων. Χαρακτηριστική ήταν η απάντηση που έδωσε στον Ουίλλμοτ Όρτον, υφυπουργό του Πολέμου, όταν εκείνος έθεσε το ερώτημα: «Τι θα πρέπει να εννοήσουμε σήμερα όταν μιλάμε για την Ελλάδα;». Ο Καποδίστριας τότε απάντησε: «Το Ελληνικόν Έθνος αποτελείται από ανθρώπους, οι οποίοι από την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως δεν έπαυσαν να ομολογούν την πιστότητά τους στην ορθόδοξη πίστη τους, δεν σταμάτησαν ποτέ να ομιλούν την γλώσσα των πατέρων τους, την ελληνική, και παρέμειναν ακλόνητοι υπό την πνευματική ή κοσμική δικαιοδοσία της εκκλησίας τους, σε οποιοδήοτε μέρος της τουρκοκρατουμένης πατρίδας τους και άν ευρίσκονταν».
 Και στο ερώτημα για το ποια θα έπρεπε να είναι τα γεωγραφικά σύνορα της Ελλάδος, απάντησε:
 «Τα σύνορα της Ελλάδος, εδώ και τέσσερις αιώνες, από την πτώση της βυζαντινής αυτοκρατορίας, έχουν οροθετηθεί από ακλόνητα δικαιώματα, τα οποία ούτε ο χρόνος, ούτε οι ανυπολόγιστες συμφορές από τους Τούρκους, ούτε η πολεμική κατάκτηση κατόρθωσαν ποτέ να παραγράψουν. Χαράχθηκαν δε αυτά τα σύνορα από το 1821 από το αίμα το ελληνικό, που χύθηκε στις σφαγές των Κυδωνιών, της Κύπρου, της Χίου, της Κρήτης, των Ψαρών, του Μεσολογγίου και στις πολυάριθμες ναυμαχίες και πεζομαχίες, στις οποίες δοξάσθηκε τούτο το Έθνος... Τα πραγματικά σύνορα της Ελλάδος ήταν εκείνα που περιέγραψε ο Έλληνας γεωγράφος Στράβων: Από την Πελοπόννησο ως τη Μακεδονία και την Ήπειρο, ως τους Αγίους Σαράντα, από τα νησιά του Ιονίου και του Αιγαίου πελάγους ως και τη Μικρά Ασία. Αυτά ήταν τα ιστορικά και φυσικά σύνορα της Ελλάδος, τα οποία οι Έλληνες είχαν ιερό χρέος να διεκδικήσουν. Αυτό το χρέος το ιερό και απαραβίαστο δεν επέτρεπε στην Ελλάδα να περιορίσει ή να σμικρύνει και στο ελάχιστο τα όρια της χώρας της. Αν τα ωμά συμφέροντα των ισχυροτέρων χωρών την αναγκάσουν να σιγήσει αυτό το χρέος, τότε οι Έλληνες θα έχουν δικαίωμα να αναρωτηθούν: Άραγε οι μεσίτριες Δυνάμεις φθάνουν στο σημείο να αναγκάσουν τους Έλληνες να εγκαταλείψουν τους ομογενείς αδελφούς τους στον βάρβαρο οθωμανικό ζυγό;... Οι προστάτριες Δυνάμεις, όσο και αν θέλουν να σταματήσουν τον πόλεμο, σύντομα θα καταλάβουν ότι η ειρήνευση της Ανατολής δεν θα μπορέσει ποτέ να γίνει στερεά και διαρκής, αν δεν στηρίζεται στη βάση της γεωγραφικής δικαιοσύνης, και ας μη νομίζουν ότι είναι δυνατόν να πραγματοποιηθεί μονάχα με τη δύναμη των διαπραγματεύσεων!...»
 Χαρακτηριστικά είναι όσα ανέφερε για την οριοθέτηση του Ελληνικού κράτους τον Οκτώβριο του 1828 σε υπόμνημά του προς τους αντιπροσώπους των τριών Δυνάμεων στη συνδιάσκεψη του Πόρου: «Περί δε των νήσων, εκ τε της ιστορίας και εκ των μνημείων και εκ των λοιπών πάντων μαρτυρείται ομοίως ότι και η Κύπρος και η Ρόδος και πολλαί άλλαι νήσοι, αποσπάσματα εισί της Ελλάδος».

Ο Καποδίστριας δεν αγκιστρώθηκε στην εξουσία και δεν θέλησε να κυβερνήσει για πάντα την Ελλάδα ακόμα και όταν του δόθηκε η ευκαιρία. Όταν «Οι δ' επιζώντες ενθυμούνται ότι, ότε η παρά της εν Άργει Εθνοσυνελεύσεως σταλείσα επιτροπή ίνα υποβάλη αυτώ το εξ εκατόν πεντήκοντα χιλιάδων φοινίκων ψήφισμα είπεν ότι το έθνος ην έτοιμον να ονομάση και ηγεμόνα τον Κυβερνήτην, εκείνος προέτεινεν ως άλλος Φερεκύδης την δεξιάν, υπονοών ότι ο ηγεμών έπρεπε να κατάγεται εξ αίματος βασιλικού και να μη έχη τας χείρας τραχείας ως αυτός ένεκα της πολλής εργασίας». Πίστευε ότι το συμφέρον της Ελλάδος ήταν να έχει ηγεμόνα από βασιλική γενιά ώστε οι Μεγάλες Δυνάμεις να αναγνώριζαν πιο εύκολα την ανεξαρτησία της.

Επίσης, ήταν αντίθετος στην ιδέα ότι, για να κυβερνήσει, έπρεπε να στηριχθεί στα όπλα. «....Δεν φρονώ ότι η νέα ελληνική κυβέρνησις πρέπει να έλθη εις την Ελλάδα επί κεφαλής λόχων και πυροβόλων. Τούτο είναι έξω των δυνάμεών μου, αλλά και αν ηδυνάμην, δεν θα ηρχόμην τοιουτοτρόπως».

Αυτή ήταν η ευγενική ψυχή του Καποδίστρια ο οποίος προέτασσε των πάντων το συμφέρον της πατρίδας την οποία υπηρέτησε χωρίς ουδόλως να τη ζημιώσει. Η προσωπική του ζωή ήταν πρότυπο ήθους και χριστιανικών αρχών. Έλληνες από τη Μαριανούπολη, θέλοντας να τον ευχαριστήσουν για τη βοήθειά του προς την κοινότητά τους, του έδωσαν ένα μεγάλο χρηματικό ποσό. Αρνήθηκε να το δεχθεί και για να μην τους προσβάλλει τους είπε: «... δέχομαι το δώρο σας. Αλλά με τον όρο να καταθέσετε αυτά τα χρήματα σε Τράπεζα και με τους τόκους να προσλάβετε Έλληνα διδάσκαλο για να σας διδάσκει τη μητρική σας γλώσσα. Γιατί αποτελεί εντροπή, όντας Έλληνες στην καταγωγή, στο φρόνημα και στη θρησκεία, να αγνοείτε την ευγενέστερη και πλουσιότερη γλώσσα του κόσμου, που την διδάσκονται τόσοι άλλοι αλλοεθνείς ...».

Προσωπικά για τον εαυτό του δεν δέχθηκε ούτε τα αυτονόητα. Αρνήθηκε το επιμίσθιο που του αναλογούσε ως αρχηγός κράτους και το οποίο εγκρίθηκε δύο φορές από τη Βουλή των Ελλήνων και τη Γερουσία. «Διά τον αυτόν τούτον λόγον θέλομεν αποφύγει και ήδη το να δεχθώμεν την προσδιοριζομένην ποσότητα διά τα έξοδα του αρχηγού της επικρατείας, απεχόμενοι, εν όσω τα ιδιαίτερά μας χρηματικά μέσα μας εξαρκούσιν, από του να εγγίσωμεν μέχρι και οβολού τα δημόσια χρήματα προς ιδίαν ημών χρήσιν. Οψέποτε δε βιασθώμεν εις τούτο, εξαντληθέντων διόλου των ιδιαιτέρων ημών πόρων, τότε θέλομεν καταφύγει εις το δημόσιον ταμείον, πλην μόνον δια τα έξοδα, όσα απαιτεί η εκτέλεσις των καθηκόντων μας».

Αυτός που είχε ζήσει στα παλάτια του Τσάρου, αυτός που ως Υπουργός Εξωτερικών του Τσάρου είχε επηρεάσει ουσιαστικά την εξέλιξη της Ευρώπης, ζούσε φτωχικά.

 Χαρακτηριστικό παράδειγμα της λιτής του ζωής αποτέλεσε το περιστατικό που αναφέρει η βαρώνη Charlotte de Sor και συνέβη όταν ο Καποδίστριας ήταν στη Γενεύη: «Μιά ημέρα, στη διάρκεια μιάς εγκάρδιας συνομιλίας, μου είπε με εκείνη την αξιολάτρευτη απλότητα που τον διέκρινε: "Εκπλήττεσθε γιατί έχω διαλέξει αυτά τα δύο πενιχρά δωμάτια στο σπίτι της κυρίας Lamotte ... Μα ο λόγος είναι ότι μου στοιχίζουν μονάχα 30 φράγκα το μήνα και ασφαλώς δεν ξέρετε ότι για τη συντήρηση και των δύο μας (και του υπηρέτη του) δεν πρέπει να ξεπεράσουμε το ποσόν των 6 φράγκων την ημέρα." Χονδρά δάκρυα ύγραναν τα μάτια μου και του έσφιξα το χέρι με συγκίνηση: "Είσθε αξιοθαύμαστος", του είπα βαθιά συγκλονισμένη. "Μα όχι, κυρία μου, απλώς είμαι συνεπής προς τον εαυτό μου! Αυτό είναι όλο. Όταν όλα τα διαβήματα και οι ενέργειές μου, όλες οι γραπτές μου εκκλήσεις ζητούν από τις γενναιόδωρες ψυχές ψωμί και ενδύματα για τους συμπατριώτες μου, όταν, αφού χτύπησα τις πόρτες των παλατιών των πλουσίων, χτύπησα μετά και τις πόρτες των καλυβών των φτωχών, για να συλλέξω τον οβολό του φτωχού, πρέπει να ημπορώ να τους λέω με παρρησία: Έδωσα τα πάντα πριν ζητήσω και τη δική σας βοήθεια για τους αδελφούς μου".

Και πραγματικά είχε δώσει τα πάντα. Είχε γενναιόδωρα δαπανήσει όλη την αξιόλογη περιουσία του για να υπερασπιστεί την πατρίδα του και δεν κράτησε για τον εαυτό του παρά τα απολύτως αναγκαία για την επιβίωσή του».

Δεν δίστασε να υποθηκεύσει ολόκληρη τη μεγάλη ακίνητη πατρική περιουσία του στην Κέρκυρα, να δαπανήσει όλα τα χρήματά του για να στηρίξει το νεοσυσταθέν κράτος, να ζήσει ο ίδιος με τρόπο λιτό φέρνοντας τον εαυτό του και την υγιεία του στα όρια, όπως αναφέρει και η Γενική Εφημερίδα της Κυβερνήσεως: «... Ο γιατρός του είπε να βελτιώσει λίγο την τροφή του, ήταν επείγουσα ανάγκη για την υγεία του. Κι εκείνος απήντησε αποφασιστικά: Τότε μονάχα θα βελτιώσω την τροφή μου, όταν θα είμαι βέβαιος ότι δεν υπάρχει ούτε ένα Ελληνόπουλο που να πεινάει ...». Ο δε Μακρυγιάννης γράφει για να δείξει τον τρόπο ζωής του: «Ο Κυβερνήτης έτρωγε επί 4 ημέρες μία κότα».

Δυστυχώς το ήθος και το παράδειγμα του Καποδίστρια δεν μιμήθηκαν οι σύγχρονοι πολιτικοί. Ο Καποδίστριας εισήλθε στη πολιτική βαθύπλουτος έζησε «κοπιών όλον σχεδόν νυχθημερόν και ελάχιστον αναπαυόμενος» και εξήλθε δολοφονημένος και πάμπτωχος. Εν αντιθέσει σύγχρονοι πολιτικοί εισήλθαν πάμφτωχοι στη πολιτική, πολιτεύτηκαν άκοπα και άνετα και εξήλθαν πάμπλουτοι.