Όταν ο Καποδίστριας ηγήθηκε της Κυβερνήσεως, η Ελληνική επικράτεια αποτελείτο από το Ναύπλιο, μερικές πόλεις της Ανατολικής Πελοποννήσου, την περιοχή του Ισθμού και των Μεγάρων μέχρι την Ελευσίνα, τη Μάνη καθώς και μια μικρή έκταση της Δυτικής Ελλάδος τα νησιά του Αργοσαρωνικού.
Ο Καποδίστριας χειριζόταν ο ίδιος την εξωτερική Πολιτική του κράτους και με τη διορατικότητα, την ευφυία και το διπλωματικό του κύρος πέτυχε να επαναφέρει το Ελληνικό ζήτημα στην επικαιρότητα και να επηρεάσει την ευρωπαϊκή πολιτική υπέρ της Ελλάδος ώστε να πετύχει την αυτονομία του Ελληνικού κράτους.
Πέτυχε να εφαρμόζονται ή να τροποποιούνται ή να μην γίνονται αποδεκτές οι λαμβανόμενες αποφάσεις των Τριών Δυνάμεων όταν στρέφονταν κατά των ελληνικών συμφερόντων. Τα υπομνήματα και οι απόψεις της Ελληνικής Κυβερνήσεως γνωστοποιούνταν στους Υπουργούς και τους Βασιλείς των Μεγάλων δυνάμεων, και ετύγχαναν ιδιαιτέρας προσοχής.
Ενήργησε με ταχύτητα και καταλήφθηκε η Στερεά Ελλάδα για να υπάρχει τετελεσμένο γεγονός κατά την ώρα των διπλωματικών συζητήσεων στα Ευρωπαϊκά συνέδρια. Ετσι παραχωρήθηκε στην Ελλάδα ολόκληρη η Στερεά Ελλάδα με το πρωτόκολλο του Μαρτίου του 1829 και με αυτόν τον τρόπο εξασφαλίσθηκε μια ευρεία εδαφική περιοχή ώστε το νέο κράτος να είναι βιώσιμο.
Από την άλλη κατόρθωσε να αποχωρήσει ο Ιμπραήμ το ταχύτερο δυνατό από την Πελλοπόνησσο και δεν έδωσε την ευκαιρία σε Γαλλία, Αγγλία και Ρωσία να μετατρέψουν την Ελλάδα σε πεδίο συγκρούσεων των συμφερόντων τους, αλλά να επιτευχθεί μία ισορροπία μεταξύ τους. Κάθε στρατιωτική επιχείριση πραγματοποιήθηκε κατόπιν συμφωνίας και των Τριών δυνάμεων, με αποτέλεσμα η Ελλάδα να μη γίνει πεδίο συγκρούσεως τους και καμία πολεμική επιχείρηση να μην εξελιχθεί σε ξενική κατοχή.
Τέλος, ο Καποδίστριας με το πρωτόκολλο του Λονδίνου στις 14/26 Σεπτεμβρίου του 1831 παρέδωσε το πρώτο ανεξάρτητο κράτος της Βαλκανικής με βόρεια συνοριακή γραμμή τους κόλπους Βόλου και Άρτας. Δυστυχώς όμως δεν πρόφτασε να μάθει το αισιόδοξο αποτέλεσμα γιατί η είδηση έφτασε στην Ελλάδα μετά τη δολοφονία του.
Ο Καποδίστριας τον Απρίλιο του 1828 υπέβαλε στον Τσάρο Νικόλαο σχέδιό του, το οποίο προέβλεπε την αναδιοργάνωση των κρατών της Βαλκανικής σε Ομοσπονδία πέντε επαρχιών (Ελλάδος, Ηπείρου, Μακεδονίας, Σερβίας και Δακίας) με ελεύθερη πόλη την Κωνσταντινούπολη. Το σχέδιό του απορρίφθηκε με τη συνθήκη της Αδριανουπόλεως (14.9.1829).
